该片讲述忍者神龟四兄弟远离人类世界多年之后,决定主动出击,希望能够靠着他们的英勇事迹赢得纽约客的心,并且获得他们的接纳,成为正常的青少年。他们的新朋友艾波欧尼尔也协助他们试图扳倒一个神秘的犯罪集团,但是当对方派出一支变种军团,他们很快就发现他们根本就是自不量力……没有父母是“完美”的,也没有孩子是“完美”的。片中,彼得在教小尼古拉斯游泳的时候,全然不顾孩子的拒绝与害怕,以自己意志去改造子女的表现;即使儿子长大后,他也未能完全接受尼古拉斯,所以才会带着儿子去买公司实习生的同款外套,试图将儿子打造为他理想中的样子。与此同时,彼得也一直活在父亲安东尼的阴影之下,虽然父亲在事业上无比成功,但深受父亲冷漠自私伤害的彼得,至今仍无法对他曾经的所作所为释怀。